策妄阿拉布坦调动军队，征集粮食，置办器械，为战争做准备，对外声称将要出征哈萨克。经过一年多完成所有部署，大策凌敦多布统帅六千多人的远征军从伊犁向西边的伊塞克湖进发，从西边绕过汗腾格里峰，经乌什沿塔里木沙漠西边行军，抵达阿克陶。
大策凌敦多布声言将护送拉藏汗之子丹衷与其妻策妄阿拉布坦之女博托洛克归藏，并协助拉藏汗与布鲁克巴人作战。远征军经过一番休整，行军至和田，备足给养。于次年开春，从和田出发，涉险越障，翻越荒无人烟的昆仑山。驼马倒毙，人员冻伤，准噶尔远征军仍然顽强地越过冰山，进入阿里地区。
拉藏汗得到消息，却未引起警觉。准噶尔远征军向拉萨逼近，越过乌巴什山脉，进驻申扎。拉藏汗仍不在意，却令次子苏尔扎带人马前去迎接丹衷。苏尔扎在扎木草原迎头遇上绕过纳木湖的准噶尔军队，遭到袭击，逃回拉萨报信。拉藏汗急忙找康熙派入西藏的侍郎赫寿商议对策，一面派人往西宁求援，一面召集藏地民兵抵抗。
大策凌敦多布将主力集中在达木草原，一边派人潜入拉萨，联络三大寺众喇嘛，准备里应外合，一边派人四处宣扬准噶尔的来意在于废伊希嘉措，迎噶桑嘉措坐床。
藏军集中优势兵力开往达木，与准噶尔军队展开激烈战斗。以乌梁海人为主力的准噶尔军队勇猛顽强，把占据人数优势的藏军打得节节败退。拉藏汗带领儿子苏尔扎和色布腾临阵督战，拼命抵抗，仍不能阻止准噶尔军队的进攻，无奈地提出停战，请来□□额尔德尼，试图说服其弟子大策凌敦多布以和谈方式解决问题。大策凌敦多布识破拉藏汗拖延时间等待清军救援的用心，和谈破裂。
双方僵持之际，格鲁派和三大寺的喇嘛四处筹集粮食衣物武器弹药支援准噶尔军队，并动员藏族青年自备武器加入准噶尔军队。
藏军被击溃，拉藏汗与儿子逃回拉萨，躲进布达拉宫。早在准噶尔军队来袭之前，拉藏汗就在赫寿的建议下，在布达拉宫和拉萨周围布下层层防御措施，致使准噶尔军队无法攻入。然而，拉藏汗的手下却为准噶尔军队打开了北城门。
准噶尔军队进入拉萨，占领大昭寺小昭寺，包围布达拉宫，命令拉藏汗投降，交出伊希嘉措。拉藏汗不从。准噶尔军队终于攻入布达拉宫。拉藏汗与儿子们从暗门仓皇逃跑，与途中被准噶尔军队追上。拉藏汗被杀。苏尔扎和色布腾逃至大臣达克家中，却被达克献给大策凌敦多布。大策凌敦多布将二人送到伊犁，并囚禁伊希嘉措，委任达克为第巴，管理西藏事务。
从策划准备到取得西藏，历时三年。准噶尔军队出其不意，以少胜多，在西藏僧侣和贵族的帮助下，漂亮地攻下西藏。大策凌敦多布准备进而进军青海，在青海诸台吉的协助下夺取塔尔寺的噶桑嘉措。
然而，此时青海的形势发生了很大的变化。康熙瓦解了青海诸台吉的力量，派安西将军额伦特和侍卫色楞领兵进驻西宁，基本控制了青海全境。康熙早得到准噶尔军队远征西藏的消息，不清楚其真正目的，并未予以重视，还以为拉藏汗会合策妄阿拉布坦的兵力准备去打什么人，直到接到拉藏汗的救援请求，才于第二年春命额伦特和色楞等人统帅西宁和青海各路驻军出征西藏。
清军统帅认为准噶尔军队翻雪山越冰川，千里跋涉而来，人员冻伤，驼马倒毙，加上病死阵亡，战斗力所剩无几，只能趁夜袭营，干点偷鸡摸狗的伎俩，因而心存大意。色楞抢功心切，又一向与额伦特不和。两位主帅决定将部队分为两支，各率一路，各走一条路线，议定两路清军在木鲁乌苏会合，然后入藏。四川提督康泰奉命率手下千人从南边入藏，以为呼应。
额伦特率军赶到木鲁乌苏，欲与色楞会师。色楞已于数日前经过此地，渡河翻山，孤军深入。额伦特只好急忙率军入藏。
大策凌敦多布得知清军入藏增援，在那曲一带集结准噶尔远征军和藏军数万人马，布下包围，派出小股轻骑，引诱清军深入，准备一举歼灭。
色楞中计被引进埋伏。额伦特遭遇准噶尔军队袭击，正好色楞又派人来请他前往会师。额伦特于是拔营，赶往那曲。
额伦特和色楞所率六千清军完全陷入大策凌敦多布精心设计的包围圈。大策凌敦多布将数万人马布兵分两股，一股将清军团团围住，另一股切断了他们的归路。额伦特行军时，沿途未设兵站，留守的少数军队无力前往救援。其他几路军队被准藏联军拦住，无法前进。
长途跋涉疲惫不堪的六千清军冲不出数万人的包围，只得原地筑起防御，等待增援。大策凌敦多布围而不攻，等清军粮尽水竭，自行饿死。围困月余，清军吃完粮食牲畜，全都做了准噶尔人和藏人的刀下鬼。
康泰率部千人入藏，未能与额伦特会合，在拉萨之西被黑帽喇嘛诱杀，手下伤亡惨重。逃出的五百人又被准噶尔军队截获。
康熙首次派兵进攻西藏，惨败！七千人的入藏军队，全军覆没！
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