天启六年九月，朱由校起驾返回京师，北征的数万大军，却尾随着林丹汗一路向西。与此同时，大同镇和太原镇的明军也大规模北上，胁裹着土默特部和哈喇慎部，对林丹汗所部进行夹击。
林丹汗想北上进入喀尔喀部领地，可他和喀尔喀部关系恶劣，哲布尊丹巴呼图克图更是主张联明，反对红教进入漠北。
走投无路的林丹汗不得不再次和明军作战，可他身边只剩下了直属他的可汗斡耳朵，兵力远逊，装备、士气也大大不如，想借助地形之利逃遁，又被降明的蒙古人堵了个正着。
为了避免受辱，林丹汗不得不引刀自刎，残余的部众，在其八大福晋带领下先后向大明投降，从而结束了明蒙二百多年的恩恩怨怨。
在消息传回京城的那一刻，鞭炮齐鸣锣鼓喧天，朱由校的威望远远超过了历代先帝，几乎和太祖、成祖并肩。
趁着这个机会，朱由校再次提出和黄金家族联姻。
这次，朝堂上反对的声音小了许多，可在士林中，仍有人坚持认为宗室女外嫁蒙古等于资敌。可这些朱由校并不放在心上，经过这么多年的风风雨雨，他早就不是刚刚登基时候的毛头小子，已经有了足够威望和手段压制那些杂音。
可政策好制定，愿意外嫁的宗室女却几乎没有。就连那些生活窘迫到揭不开锅的偏远旁枝，也没有人愿意主动为主分忧。
朱由校又好气又好笑，干脆把福王朱常洵临终前上的遗折拿到朝堂上讨论。
朱由校的本意是敲打敲打宗藩，让他们不要太过嚣张，却忘记了宗藩问题已经成了明朝的大问题，文臣势力早就想着对宗室瘦身改革了。
福王朱常洵的奏章被文臣看做是天赐良机，很快就通过决议限定宗室俸禄总额。而俸禄总额的数目，正是万历四十八年时的二十万六千，折合银元不过四十多万元。
甚至，有性子比较激进的，竟然提出了削藩，建议从今往后，皇帝及其子女称为皇室，皇帝的同祖父近枝称为宗室，剩下的全都称为王族或皇族。皇室和宗室可以享受国家的供养，皇族却只能自食其力。若有生活无着落需要救济的，只能到本支王府求救。
这种削藩的建议一出来就引起了舆论的争议，有反对者认为，这种方法违背了太祖皇帝定下的制度，违背了圣教“亲亲”之义若是采用了，会损害皇帝的名声。赞成者却认为，过去的宗藩制度太滥，只要是太祖皇帝的子孙都要享受国家的供养，随着时间推移，皇家的人口会越来越多，国家财政需要支出的费用也越来越多，即便大明年年风调雨顺，也终有承担不起的那一天。
双方争论了很久，一直到了天启七年八月，支持削藩的声音才渐渐占据了上风。而能出现这种状况，却是越来越多的人意识到，随着世敌蒙古的覆灭和海外贸易的发展，大明将会迎来一个长久的发展期，朱家王朝又将持续很多年。
这种情况下，限定宗室范围，减少国家供养宗室的总数就非常必要。
否则，等大明再延续个二三百年，宗室人数将达到更加可怕的地步，他们占据的财富，也将庞大到令人窒息。
天启七年九月，朱由校正式下旨削藩，并出台了新的宗室爵位制度。
新的爵位制度依旧保持了亲王和郡王两个等级，两者依旧保留着嫡长子继承制，可以永远的传承下去。但和此前不同的是，亲王只能皇子获封，郡王只能皇孙获封，若是谁一不小心出生在老皇帝驾崩之后，皇子还降一等册封为郡王。皇孙却只能做个平凡宗室，依附父兄过日。
在王爵以下，宗室爵位将和民爵保持一致，都是公侯伯子男五等九级，但和民爵不一样的是，皇室子弟一生下来就拥有了勋爵身份，这种勋爵身份的作用很鸡肋，仅仅可以保证见官不拜，算是给众多的皇族子弟留下点颜面。
但为了激励皇族子弟上进，朱由校还仿照后世的教育制度兴办了宗学，并在新的爵位制度作出规定，皇族子弟不分男女都要进行义务教育，并参加学历证书考试。获得初等学历证书的，可以按照考试成绩册封为一二三等男爵。获得中等学历证书的，同样按照成绩册封为一二三子爵。若是能考入大学深造，妥妥的一个伯爵可以到手，若能在某个专业上有所成就，公爵、侯爵指日可待。
不过，为了减少国家财政支出，除了亲王和郡王外，其他的爵位都是空头爵位，并不享受俸禄。他们若想养家糊口，必须通过严格的考试并在教育或其他专业研究中做出成绩。这大大增加了皇族成员的生存压力，激励他们不断上进，以至于后来的大明教育界和科研界、医学界、艺术界，充满了皇族子弟的身影。
而能够享受国家俸禄的亲王和郡王们，他们的日子也不好过，组织祭祀、兴办宗学、救济孤寡鳏独等等，全都是他们的责任，以至于有王爷自嘲，自己拿的都是辛苦钱。
这次宗室制度改革严重损害了宗室们的利益，他们没少聚众闹事发泄不满。可国朝宗藩制度发展了二百多年，这些宗室早就成了没牙的老虎，仅仅处置了几个带头的，就把这股反潮流压制下去。
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